Le terminus final se situe à 3 454 mètres, ce qui en fait la gare ferroviaire la plus haute d'Europe et un point d'ancrage pour la recherche scientifique depuis son inauguration. Les glaciologues maintiennent des mesures continues du glacier d'Aletsch depuis les fenêtres d'observation du Jungfraujoch depuis 1931, documentant le recul de la rivière de glace sur près d'un siècle de relevés climatiques.
L'ascension finale part de ce col alpin, où le train à crémaillère pénètre dans la face nord de l'Eiger par un portail dynamité dans le calcaire en 1903. Deux gares intermédiaires percent la paroi montagneuse : Eigerwand, à 2 865 mètres, offre des vues de cinq minutes à travers des fenêtres donnant sur le bassin de Grindelwald, tandis qu'Eismeer, à 3 160 mètres, encadre le glacier supérieur de Grindelwald à travers des ouvertures taillées dans la roche. Le trajet de Kleine Scheidegg au Jungfraujoch prend trente-cinq minutes, avec une pente moyenne de vingt-cinq pour cent alors que le train progresse dans l'obscurité.
Le complexe du Jungfraujoch abrite des installations permanentes qui s'étendent au-delà du quai ferroviaire. L'observatoire du Sphinx est perché sur un sommet en granit à 3 571 mètres, accessible par un ascenseur qui grimpe 117 mètres à l'intérieur de la roche ; sa terrasse offre une vue imprenable sur le glacier d'Aletsch jusqu'aux sommets du Valais. Le Palais de Glace, creusé en 1934 par des guides de montagne taillant des chambres à trente mètres sous la surface du glacier, maintient une température constante de moins trois degrés Celsius toute l'année. Les expositions à l'intérieur de la gare documentent la construction du chemin de fer à travers des photographies originales et des schémas d'ingénierie, tandis que le tunnel de l'Alpine Sensation retrace deux cents ans d'alpinisme à travers des dioramas et des artefacts historiques. Un horloger suisse exploite une boutique près de l'ascenseur du Sphinx, vendant des garde-temps assemblés en altitude comme preuve de précision dans l'air rare.
Les excursions d'une journée au départ de Lucerne nécessitent un départ matinal pour maximiser le temps au sommet avant que les nuages de l'après-midi n'obscurcissent la visibilité. Le circuit complet, transferts inclus, s'étend sur dix à douze heures, avec trois à quatre heures allouées à l'exploration du Jungfraujoch lui-même. Les itinéraires de retour via Grindelwald ou Lauterbrunnen offrent des perspectives distinctes : le premier descend devant les prairies de l'Eiger, le second suit la chute verticale dans la vallée de Lauterbrunnen où soixante-douze cascades rayent les falaises.
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